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A nova variante do SARS-CoV-2

Assim como o Brasil ultrapassou 200.000 mortes por COVID-19 em 7 de janeiro, notícias da Bahia adicionaram outra camada de preocupação: um relatório ainda em pré-impressão, detalhou o primeiro caso de reinfecção naquele estado, aparentemente causado por uma nova cepa, uma tendo uma mutação E484K. Essa variante, agora chamada de Brasil P.1, já migrou para os Estados Unidos. O Departamento de Saúde de Minnesota anunciou em 25 de janeiro o primeiro caso de COVID-19 conhecido nos Estados Unidos associado a ele.

A mutação está localizada no gene da proteína Spike do vírus, que forma a estrutura da coroa dos coronavírus, e é responsável pela ligação do vírus às células humanas. A mutação E484K agora é o foco, porque está associada a mutações que escapam dos anticorpos neutralizantes do sistema imunológico. “Essa mutação está no centro das preocupações mundiais e é a primeira vez que aparece em uma reinfecção”, disse Bruno Solano de Freitas Souza, médico e pesquisador do Instituto D’Or de Ensino e Pesquisa, sediado no Hospital São Rafael, em Salvador, ao Medscape Medical News.

“Vamos aguardar a amostra da Bahia para confirmar o caso na perspectiva da rede de vigilância do Ministério da Saúde”, disse Fernando Motta, doutor, chefe adjunto do Laboratório de Vírus Respiratórios e Sarampo do Instituto Oswaldo Cruz, que atua como centro de referência nacional em vírus respiratórios do Ministério da Saúde (MS), e referência para a Organização Mundial da Saúde.

 

Um caso de reinfecção

A paciente que disparou o alarme era uma mulher de 45 anos que trabalhava na área de saúde. Ela não tinha comorbidades. A equipe estava acompanhando profissionais de saúde e pacientes com resultados positivos no teste de reação em cadeia da polimerase de transcrição reversa (RT-PCR) mais de uma vez, para entender se eles representavam casos de persistência viral prolongada ou novas infecções.

A mulher apresentou sintomas de infecção viral em duas ocasiões (26 de maio e 26 de outubro). Em ambas as ocasiões, os resultados do teste de RT-PCR para SARS-CoV-2 em amostras de nasofaringe foram positivos. No primeiro episódio, o paciente apresentou diarreia, mialgia, astenia e odinofagia por cerca de 7 dias. Ela voltou às atividades 21 dias depois. No segundo episódio, apresentou sintomas mais graves e mais prolongados, mas ainda assim não precisou de internação.

“Foi o primeiro caso confirmado de reinfecção na Bahia e, no segundo episódio, observamos uma mutação que poderia ter impacto na capacidade dos anticorpos de neutralizar o vírus”, disse Souza. “A pesquisa continua com a investigação de casos em que o paciente apresenta um SARS-CoV-2 RT-PCR positivo mais de uma vez em um intervalo superior a 45 dias, para ter um nível de evidência maior”.

Ele ressaltou que “é muito importante reforçar as medidas de controle da pandemia, distância social, uso de máscaras e agilizar a vacinação, para poder controlar a circulação do vírus, acompanhando sua evolução”.

 

Em alerta para mais casos

Suspeita-se que uma pessoa com dois testes positivos para SARS-CoV-2 no RT-PCR tenha sido reinfectada, desde que 90 ou mais dias tenham se passado entre os dois episódios, independentemente da condição observada. Para confirmação do caso suspeito, as amostras devem ser enviadas a laboratórios de referência, de acordo com plano estabelecido pelo Ministério da Saúde do Brasil.

Um profissional de saúde residente na cidade brasileira de Natal representou o primeiro caso confirmado de reinfecção pelo novo coronavírus no Brasil. Esse caso foi anunciado em 10 de dezembro. “Comunicamos esse caso de reinfecção ao MS no início de dezembro de 2020. E a segunda amostra já apresentava a mutação E484K no spike, como no caso da Bahia”, disse Motta.

O primeiro passo para diferenciar a reinfecção da reativação é observar as diferenças na genotipagem do vírus. Para que a técnica tenha sucesso, disse Souza, os pesquisadores precisam de uma grande quantidade de material genético viral, que normalmente não pode ser obtido facilmente. “É por isso que há muito mais casos suspeitos do que confirmados”, explicou. Ele admitiu que embora haja poucos casos, “está cada vez mais claro que a reinfecção é uma realidade”.

 

Marcadores de mutações

O que mais preocupou os pesquisadores não foi apenas a possibilidade de reinfecção, mas também o fato de análises preliminares terem mostrado uma mutação específica. “A mutação E484K está presente em um grupo de variantes identificadas na África do Sul, que têm sido associadas a um aumento da infectividade, e foi observada em uma cepa recentemente descrita no Brasil”, disse Souza.

As mutações são esperadas, aparecem espontaneamente e, na maioria dos casos, não têm efeitos na transmissão ou no resultado clínico, elas são simplesmente usadas como marcadores e são úteis para rastrear contatos ou estudar rotas de transmissão. Mas algumas dessas mutações podem durar porque fornecem uma vantagem para o patógeno, mesmo que momentânea. No caso do SARS-CoV-2, as mutações no gene spike da proteína (S) são relevantes porque podem fornecer pistas para essa vantagem, bem como para alterações na infectividade, potencial de transmissão, anticorpos e resposta às vacinas.

Uma variante do vírus que apresenta oito alterações que afetam o gene da proteína S e vários outros em genes diferentes, está por trás do aumento do número de casos em Londres e no sudeste da Inglaterra. Pesquisadores das Faculdades de Medicina e Odontologia da Universidade de São Paulo, campus Ribeirão Preto, identificaram um dos fatores que tornavam essa nova variante, classificada como B.1.1.7, mais infecciosa.

Com ferramentas de bioinformática, eles descobriram que o gene da proteína S na nova cepa viral, tem uma interação molecular mais forte com o receptor ACE2, que está na superfície das células humanas e ao qual o vírus se liga, tornando a infecção possível. A variante já se espalhou pelo mundo, e os dois primeiros casos foram confirmados no Brasil pelo Instituto Adolf Lutz.

O alerta para uma nova variante na África do Sul, semelhante ao B.1.1.7 no Reino Unido por conter nove alterações na proteína S na posição 501, foi feito pelo virologista brasileiro Túlio de Oliveira, PhD. “Descobrimos que essa cepa parece estar se espalhando muito mais rápido”, disse Oliveira, que trabalha na Universidade de KwaZulu, à revista Science. Seu trabalho primeiro alertou os cientistas britânicos para a importância da posição N501Y.

“As novas variantes descritas no Reino Unido e na África do Sul são um pouco mais transmissíveis e já foram identificadas em casos importados para o Brasil”, disse Motta. “Infelizmente, acreditamos que é apenas uma questão de tempo antes que se torne predominante.”

 

A família viral cresce

Vírus como o SARS-CoV-2 são classificados em cepas com base em pequenas diferenças em seu material genético. Desde o dia 26 de dezembro, além das variantes britânica e sul-africana, constata-se que a linhagem brasileira também é importante. Em um artigo pré-impresso, os pesquisadores analisaram a evolução da epidemia no Rio de Janeiro de abril até um pouco antes do novo aumento da incidência, em dezembro. Eles compararam as sequências completas do genoma viral de 180 pacientes de diferentes municípios. O estudo, que está sendo conduzido conjuntamente por membros da Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ) e do Laboratório Nacional de Computação Científica, identificou uma nova variante do SARS-CoV-2, que possui cinco mutações únicas. A preocupação surgiu porque, além dessas cinco alterações genéticas, muitas das amostras tinham uma sexta, a conhecida mutação E484K.

“As três linhas, Reino Unido, África do Sul e Brasil, foram publicações quase simultâneas, mas não há evidências claras de que tenham qualquer tipo de ancestralidade comum”, disse Carolina M. Voloch ao Medscape Medical News. A pesquisa de Voloch se concentra no uso de ferramentas de bioinformática para estudar a evolução molecular, filogenética e genômica dos vírus.

“O surgimento de novas cepas é comum para os vírus”, disse ela. “Isso pode estar acontecendo em qualquer lugar do mundo a qualquer momento.” Ela ressaltou que identificar quando surgem as mutações, ajudará a definir a nova linhagem brasileira. Os pesquisadores estão trabalhando para determinar se os anticorpos neutralizantes de pacientes que foram infectados com outras cepas, respondem a esta cepa do Brasil. “Esperamos compartilhar esses resultados em breve”, disse Voloch.

Os autores do artigo estimam que a nova cepa provavelmente apareceu no início de julho. Eles dizem que mais análises são necessárias para prever se as mudanças, têm um efeito importante na infectividade viral, na resposta imunológica do hospedeiro ou na gravidade da doença. Questionada sobre a linhagem que causou a reinfecção na Bahia, Voloch disse que ainda não havia contatado os autores para realizar uma análise conjunta, mas disse que os dados divulgados na pré-impressão não representariam a mesma variante. “Existem apenas duas das cinco mutações que caracterizam a linhagem do Brasil. No entanto, ela tem a mutação E484K, que está presente em mais de 94% das amostras da nova variante brasileira”, disse. Ela acrescentou que há possibilidade de reinfecção pela linhagem que circula no Brasil, além de países como Estados Unidos, Reino Unido e Japão. “O vírus brasileiro está sendo exportado para o resto do mundo”, disse Voloch.

 

Diversidade do vírus ainda desconhecida

Os pesquisadores agora já sabem que o SARS-CoV-2 provavelmente circulou silenciosamente no Brasil já em fevereiro de 2020, e atingiu todas as regiões do país, antes que as viagens aéreas fossem restritas. Desde o primeiro semestre de 2020, houve duas cepas predominantes. “Já foram identificadas mais de uma dezena de cepas no Brasil, mas mais importante do que contar as cepas é identificar a velocidade com que elas surgem, que está diretamente associada ao índice de infecção, que é muito alto no país”, disse Motta. A chamada variante brasileira, disse ele, também foi detectada em outros estados de quatro regiões do Brasil. A chave para documentar as variantes é obter uma amostra mais representativa com genomas de outras partes do país.

Em 10 de janeiro, um total de 347.000 sequências completas do genoma foram compartilhadas globalmente por meio de bancos de dados abertos desde que o SARS-CoV-2 foi identificado pela primeira vez, mas a contribuição dos países é desigual. Embora o custo e a complexidade do sequenciamento genético tenham caído significativamente ao longo do tempo, os programas de sequenciamento eficazes ainda requerem investimentos substanciais em pessoal, equipamento, reagentes e infraestrutura de bioinformática.

Segundo Voloch, o combate ao novo coronavírus só será possível conhecendo sua diversidade e entendendo como ele evolui. A Rede Genômica Fiocruz disponibilizou um infográfico para que os pesquisadores acompanhem as cepas que circulam no Brasil. É o resultado da colaboração entre pesquisadores da Fiocruz e da Iniciativa GISAID, parceria internacional que promove o rápido compartilhamento de dados.

Em 5 de janeiro, os pesquisadores no Brasil estudaram 1.897 genomas, não o suficiente, disseram os cientistas. “No Brasil há poucos testes e ainda menos sequenciamento”, lamentou Souza. “No Reino Unido, um em cada 600 casos é sequenciado. No Brasil, menos de um em 10 milhões de casos”, acrescentou Voloch.

Até o momento, nenhum fator decisivo para a saúde pública, como maior virulência ou maior transmissibilidade, foi identificado em nenhuma das cepas estabelecidas no Brasil. A questão de um milhão de dólares é se o surgimento de novas cepas poderia ter um impacto na eficácia das vacinas administradas hoje. “De uma forma ou de outra, a vacina é nossa melhor aposta, mesmo que no futuro identifiquemos mutantes escapistas e tenhamos que modificá-los”, disse Motta. “É o que fazemos anualmente com a gripe.”

 

Referente ao artigo publicado em Medscape.

 

Dylvardo Costa

 

 

Autor: 
Dr. Dylvardo Costa Lima
Pneumologista, CREMEC 3886 RQE 8927
E-mail: dylvardofilho@hotmail.com

 

 

 

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